Pour ma part, je procède comme suit (en général) :

Avec x.y.z

x : numéro de version majeure, lorsque des améliorations importantes sont apportées à l'application (par ex. réécriture complète, refonte de l'interface...), souvent rétrocompatible ;
y : numéro de version mineure, lorsque de nouvelles fonctionnalités sont implémentées, rétrocompatible ;
z : numéro de version corrective, corrections de bugs et améliorations générales, sans ajout de fonctionnalités, rétrocompatible.