C'est tentant de se gausser de Microsoft, mais comme souvent, il y a une explication : https://technet.microsoft.com/en-us/library/ff955767.aspx ;)

Une fois encore, il est question de rétrocompatibilité (d'ailleurs WOW64 signifie "Windows 32-bit on Windows 64-bit").

Ce qu'on oublie ou ignore bien souvent, c'est que Windows traîne un monstrueux héritage dans son code : https://blogs.msdn.microsoft.com/oldnewthing/tag/history

Même le plus infime "flag" de l'API Win32, aussi obsolète et peu usité soit-il, doit être conservé, car il n'est pas certain que sa suppression n'impacte pas un obscur logiciel, quelque part. Sans compter les développeurs qui usent de fonctionnalités non-documentées (donc susceptibles de changer sans préavis), que Microsoft doit ensuite maintenir à l'identique pour les mêmes raisons. Ou les applications tierces qui doivent être patchées par les équipes de Microsoft. Parce que dans tous les cas, si le logiciel ne fonctionne pas/plus, ce sera forcément de la faute de Microsoft, même s'ils ne sont pas en tort ;)